Nyár genotípusok azonosítása DNS ujjlenyomatuk alapján

Cseke Klára; Benke Attila; Borovics Attila

Erdészettudományi Közlemények / 1. évfolyam / 1. szám / 107-114. oldal
előző | következő

Cseke Klára, Benke Attila és Borovics Attila

Kapcsolat a szerzőkkel

Levelező szerző: Cseke Klára

Cím: H-9600 Sárvár, Várkerület 30/A.

e-mail cím: csekekl[at]ertisarvar.hu

Kivonat

Kutatásunk célja a nyár genotípusok molekuláris genetikai azonosítását lehetővé tevő módszer tesztelése volt. A kutatáshoz mikroszatellit (SSR) technikát választottunk, amely a növényi genomban nagy számban jelenlévő, ismétlődő szekvencia motívumok vizsgálatán alapul. Az alkalmazott kilenc marker segítségével az egyedek ujjlenyomatszintű azonosítása valósítható meg. Ennek megfelelően a genotípus adatok a fajtákra jellemző azonosító kódként használhatók. A módszert 36, a nyárnemesítés szempontjából fontosabb nyárfajta, fajtajelölt és kísérleti klón példáján mutatjuk be. A módszer alkalmas lehet a jövőben a hazai nemesnyár fajták fajtavédelmében, szaporítóanyag felügyeletében történő alkalmazásra.

Kulcsszavak: nyárfajták, mikroszatellit markerek, genetikai azonosítás, fajtavédelem

Hivatkozott irodalom16

1.	Fossati, T.; Zapelli, I.; Bisoffi, S.; Micheletti, A.; Vietto, L.; Sala F. and Castiglione, S. 2005: Genetic relationship and clonal identity in a collection of commercially relevant cultivars assessed by AFLP and SSR. Tree Genetics & Genomes. 1: 11–20. DOI: 10.1007/s11295-004-0002-9
2.	Gergácz J. 2000: Helyzetkép a magyar erdészeti növénynemesítésről. Magkutatás, termesztés, kereskedelem, XIV. (1): 7–11. Teljes szöveg
3.	Hajósné Novák M. (szerk.) 1999: Genetikai variabilitás a növénynemesítésben. Mezőgazda Kiadó. Budapest. p. 49.
4.	Khasa, D.P.; Nadeem, S.; Thomas, B.; Robertson, A. and Bousquet, J. 2003: Application of SSR markers for parentage analysis of Populus clones. Forest Genetics 10(4): 273–281.
5.	Peakall, R. and Smouse, P.E. 2006: GENALEX 6: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes. 6: 288–295. DOI: 10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x
6.	Podani J. 1997: Bevezetés a többváltozós biológiai adatfeltárás rejtelmeibe. Scientia Kiadó. Budapest. p. 145.
7.	Rahman, M.H.; Dayananda, S. and Rajora, O.P. 2000: Microsatellite DNA markers in Populus tremuloides. Genome 43: 293–297.
8.	Rajora, O.P. and Rahman, M.H. 2001: Microsatellite DNA markers and their usefulness in poplars and conservation of microsatellite DNA loci in Salicaceae. in Müller-Starck G. and Shubert R. (eds.) 2001: Genetic Response of Forest Systems to Changing Environmental Conditions. Forestry Sciences, 70: 105–115. DOI: 10.1007/978-94-015-9839-2_9
9.	Rajora, O.P. and Rahman, M.H. 2003: Microsatellite DNA and RAPD fingerprinting, identification and genetic relationship of hybrid poplar (Populus x canadensis) cultivars. Theoretical and Applied Genetics. 106: 470–477. DOI: 10.1007/s00122-002-1082-2
10.	Rathmacher, G.; Niggemann, M.; Wypukol, H.; Gebhardt, K.; Ziegenhagen, B. and Bialozyt, R. 2009: Allelic ladder and reference genotypes for a rigorous standardization of poplar microsatellite data. Trees. 23: 573–583. DOI: 10.1007/s00468-008-0302-z
11.	van der Schoot, J.; Pospiskova, M.; Vosman, B. and Smulders, M.J.M. 2000: Development and characterization of microsatellite markers in black poplar (Populus nigra L.). Thoeretical Applied Genetics. 101 (1–2): 317–322. DOI: 10.1007/s001220051485
12.	Smulders, M.J.M.; van Der Schoot, J.; Arens, P. and Vosman, B. 2001: Trinucleotide repeat microsatellite markers for black poplar (Populus nigra L.). Molecular Ecology Notes 1(3): 188–190. DOI: 10.1046/j.1471-8278.2001.00071.x
13.	StatSoft, Inc. 2001: STATISTICA for Windows [Computer program manual]. Tulsa, OK: StatSoft, Inc., 2300 East 14th Street, Tulsa, OK 74104, phone: (918) 749-1119, fax: (918) 749–2217, email: info@statsoft.com, Egyéb URL
14.	Tuskan, G.A.; Gunter, L.E.; Yang, Z.K., Yin, T.M., Sewel, M.M. and DiFazio, S.P. 2004: Characterization of Microsatellites Revealed by Genomic Sequencing of Populus trichocarpa. Canadian Journal of Forest Research. 34(1): 85–93. DOI: 10.1139/x03-283
15.	Weising, K.; Nybom, H.; Wolff, K. and Kahl, G. 2005: DNA Fingerprinting in Plants Principles, Methods and Applications. CRS Press. p. 42, 217.
16.	The International Populus Genome Consortium. (2011-05-13) Egyéb URL

Fossati, T.; Zapelli, I.; Bisoffi, S.; Micheletti, A.; Vietto, L.; Sala F. and Castiglione, S. 2005: Genetic relationship and clonal identity in a collection of commercially relevant cultivars assessed by AFLP and SSR. Tree Genetics & Genomes. 1: 11–20. DOI: 10.1007/s11295-004-0002-9

Gergácz J. 2000: Helyzetkép a magyar erdészeti növénynemesítésről. Magkutatás, termesztés, kereskedelem, XIV. (1): 7–11. Teljes szöveg

Hajósné Novák M. (szerk.) 1999: Genetikai variabilitás a növénynemesítésben. Mezőgazda Kiadó. Budapest. p. 49.

Khasa, D.P.; Nadeem, S.; Thomas, B.; Robertson, A. and Bousquet, J. 2003: Application of SSR markers for parentage analysis of Populus clones. Forest Genetics 10(4): 273–281.

Peakall, R. and Smouse, P.E. 2006: GENALEX 6: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes. 6: 288–295. DOI: 10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x

Podani J. 1997: Bevezetés a többváltozós biológiai adatfeltárás rejtelmeibe. Scientia Kiadó. Budapest. p. 145.

Rahman, M.H.; Dayananda, S. and Rajora, O.P. 2000: Microsatellite DNA markers in Populus tremuloides. Genome 43: 293–297.

Rajora, O.P. and Rahman, M.H. 2001: Microsatellite DNA markers and their usefulness in poplars and conservation of microsatellite DNA loci in Salicaceae. in Müller-Starck G. and Shubert R. (eds.) 2001: Genetic Response of Forest Systems to Changing Environmental Conditions. Forestry Sciences, 70: 105–115. DOI: 10.1007/978-94-015-9839-2_9

Rajora, O.P. and Rahman, M.H. 2003: Microsatellite DNA and RAPD fingerprinting, identification and genetic relationship of hybrid poplar (Populus x canadensis) cultivars. Theoretical and Applied Genetics. 106: 470–477. DOI: 10.1007/s00122-002-1082-2

Rathmacher, G.; Niggemann, M.; Wypukol, H.; Gebhardt, K.; Ziegenhagen, B. and Bialozyt, R. 2009: Allelic ladder and reference genotypes for a rigorous standardization of poplar microsatellite data. Trees. 23: 573–583. DOI: 10.1007/s00468-008-0302-z

van der Schoot, J.; Pospiskova, M.; Vosman, B. and Smulders, M.J.M. 2000: Development and characterization of microsatellite markers in black poplar (Populus nigra L.). Thoeretical Applied Genetics. 101 (1–2): 317–322. DOI: 10.1007/s001220051485

Smulders, M.J.M.; van Der Schoot, J.; Arens, P. and Vosman, B. 2001: Trinucleotide repeat microsatellite markers for black poplar (Populus nigra L.). Molecular Ecology Notes 1(3): 188–190. DOI: 10.1046/j.1471-8278.2001.00071.x

StatSoft, Inc. 2001: STATISTICA for Windows [Computer program manual]. Tulsa, OK: StatSoft, Inc., 2300 East 14th Street, Tulsa, OK 74104, phone: (918) 749-1119, fax: (918) 749–2217, email: info@statsoft.com, Egyéb URL

Tuskan, G.A.; Gunter, L.E.; Yang, Z.K., Yin, T.M., Sewel, M.M. and DiFazio, S.P. 2004: Characterization of Microsatellites Revealed by Genomic Sequencing of Populus trichocarpa. Canadian Journal of Forest Research. 34(1): 85–93. DOI: 10.1139/x03-283

Weising, K.; Nybom, H.; Wolff, K. and Kahl, G. 2005: DNA Fingerprinting in Plants Principles, Methods and Applications. CRS Press. p. 42, 217.

The International Populus Genome Consortium. (2011-05-13) Egyéb URL

Open Acces - Nyílt hozzáférés

A cikk teljes terjedelmében szabadon letölthető, és megfelelő forrásmegjelöléssel szabadon felhasználható.

Javasolt hivatkozás:

Cseke K., Benke A. és Borovics A. (2011): Nyár genotípusok azonosítása DNS ujjlenyomatuk alapján. Erdészettudományi Közlemények, 1(1): 107-114.

előző | következő

1. évfolyam 1. szám,
107-114. oldal

Közlésre elfogadva:
2011. szeptember 1.

Kapcsolódó cikkek
a folyóiratban

A szerzők további cikkei a folyóiratban

Témájukban kapcsolódó cikkek az Erdészettudományi Közleményekben*

1.	Cseke K., Köbölkuti Z. A., Benke A., Rumi A., Báder M., Borovics A. és Németh R. (2020): Nemesnyár klónok faanyagtani jellemzőkhöz köthető génjeinek genetikai változatossága. Erdészettudományi Közlemények, 10(1): 5-16.
2.	Mátyás Cs. és Kramer K. (2016): Az erdei génkészletek szerepe a klímaváltozáshoz alkalmazkodó gazdálkodásban. Erdészettudományi Közlemények, 6(1): 7-16.
3.	Cseke K., Jobb Sz., Koltay A. és Borovics A. (2014): A tölgypusztulás genetikai szerkezetre gyakorolt hatása. Erdészettudományi Közlemények, 4(2): 135-147.
4.	Bordács S., Nagy L., Pintér B., Bach I., Borovics A., Kottek P., Szepesi A., Fekete Z., Wisnovszky K. és Mátyás Cs. (2013): Az erdészeti genetikai erőforrások állapota és szerepe a XXI. század elején Magyarországon. Erdészettudományi Közlemények, 3(1): 21-37.
5.	Cseke K., Bordács S. és Borovics A. (2011): Egy elegyes tölgyes taxonómiai és genetikai szerkezetének elemzése. Erdészettudományi Közlemények, 1(1): 95-105.
6.	Benke A., Cseke K. és Borovics A. (2011): Dunántúli Leuce nyár populációk genetikai vizsgálata RAPD és cpDNS markerekkel. Erdészettudományi Közlemények, 1(1): 83-93.

Cseke K., Köbölkuti Z. A., Benke A., Rumi A., Báder M., Borovics A. és Németh R. (2020): Nemesnyár klónok faanyagtani jellemzőkhöz köthető génjeinek genetikai változatossága. Erdészettudományi Közlemények, 10(1): 5-16.

Mátyás Cs. és Kramer K. (2016): Az erdei génkészletek szerepe a klímaváltozáshoz alkalmazkodó gazdálkodásban. Erdészettudományi Közlemények, 6(1): 7-16.

Cseke K., Jobb Sz., Koltay A. és Borovics A. (2014): A tölgypusztulás genetikai szerkezetre gyakorolt hatása. Erdészettudományi Közlemények, 4(2): 135-147.

Bordács S., Nagy L., Pintér B., Bach I., Borovics A., Kottek P., Szepesi A., Fekete Z., Wisnovszky K. és Mátyás Cs. (2013): Az erdészeti genetikai erőforrások állapota és szerepe a XXI. század elején Magyarországon. Erdészettudományi Közlemények, 3(1): 21-37.

Cseke K., Bordács S. és Borovics A. (2011): Egy elegyes tölgyes taxonómiai és genetikai szerkezetének elemzése. Erdészettudományi Közlemények, 1(1): 95-105.

Benke A., Cseke K. és Borovics A. (2011): Dunántúli Leuce nyár populációk genetikai vizsgálata RAPD és cpDNS markerekkel. Erdészettudományi Közlemények, 1(1): 83-93.

A szerzők további megjelent cikkei az Erdészettudományi Közleményekben

1.	Benke A., Köbölkuti Z. A., Cseke K., Borovics A. és Tóth E. Gy. (2022): Szárazságtűrésben szerepet játszó SNP-k azonosítása kocsánytalan tölgy populációkban: alapkutatási eredmények a fenntartható tölgygazdálkodásért. Erdészettudományi Közlemények, 12(2): 77-90.
2.	Mátyás Cs. és Borovics A. (2014): „Agrárklíma”. Erdészettudományi Közlemények, 4(2): 7-8.
3.	Borovics A., Illés G., Juhász J., Móricz N., Rasztovits E., Nimmerfroh-Pletscher B., Unghváry F., Pintér T., Pödör Z. és Jereb L. (2018): Erdészeti klímaközpont kialakításának szükségessége és lépései. Erdészettudományi Közlemények, 8(2): 5-8.
4.	Kollár T. és Borovics A. (2021): A magyarországi hosszú lejáratú erdészeti tartamkísérleti hálózat fenntartásának korszerű irányelvei, adatfeldolgozási módszerei és legfontosabb eredményei. Erdészettudományi Közlemények, 11(2): 95-114.
5.	Kocsis Z., Németh G., Börcsök Z., Polgár A., Király É., Kóczán Zs. és Borovics A. (2022): A faipari folyamatok szénlábnyom-elemzéséhez kapcsolódó logisztikai és energiafelhasználási konverziós faktorok megadása. Erdészettudományi Közlemények, 12(1): 57-73.

Benke A., Köbölkuti Z. A., Cseke K., Borovics A. és Tóth E. Gy. (2022): Szárazságtűrésben szerepet játszó SNP-k azonosítása kocsánytalan tölgy populációkban: alapkutatási eredmények a fenntartható tölgygazdálkodásért. Erdészettudományi Közlemények, 12(2): 77-90.

Mátyás Cs. és Borovics A. (2014): „Agrárklíma”. Erdészettudományi Közlemények, 4(2): 7-8.

Borovics A., Illés G., Juhász J., Móricz N., Rasztovits E., Nimmerfroh-Pletscher B., Unghváry F., Pintér T., Pödör Z. és Jereb L. (2018): Erdészeti klímaközpont kialakításának szükségessége és lépései. Erdészettudományi Közlemények, 8(2): 5-8.

Kollár T. és Borovics A. (2021): A magyarországi hosszú lejáratú erdészeti tartamkísérleti hálózat fenntartásának korszerű irányelvei, adatfeldolgozási módszerei és legfontosabb eredményei. Erdészettudományi Közlemények, 11(2): 95-114.

Kocsis Z., Németh G., Börcsök Z., Polgár A., Király É., Kóczán Zs. és Borovics A. (2022): A faipari folyamatok szénlábnyom-elemzéséhez kapcsolódó logisztikai és energiafelhasználási konverziós faktorok megadása. Erdészettudományi Közlemények, 12(1): 57-73.

* Automatikusan generált javaslatok a szerzők által megadott kulcsszavak más cikkek címében és kivonataiban való előfordulása alapján. Részletesebb kereséshez kérjük használja a manuális keresést.